【一】《宏基因組學(xué)測序技術(shù)在中重癥感染中的臨床應用專(zhuān)家共識

--2020年5月中華危重病急救醫學(xué)發(fā)布第一版

1. 檢測與質(zhì)控

1.1 檢測設施設備控制

1.2 檢測實(shí)驗控制

1.3 測序結果的實(shí)驗室判讀控制

1.4 數據庫建設

2. 規則及應用

2.1 不同病原體檢測方法的特點(diǎn)

2.2 mNGS報告解讀規則

2.3 陰性結果的解讀

2.4 陽(yáng)性結果的解讀

2.5 常見(jiàn)微生物檢測結果與臨床檢測結果不一致的處理

2.6 非體內正常定植菌在非感染部位出現視為病原體

2.7mRNA在區別背景微生物、病毒以及快速分裂期的微生物的診斷價(jià)值

2.8 延遲陽(yáng)性

2.9 物種差異判讀（病毒、真菌、細菌、寄生蟲(chóng)）

2.10 罕見(jiàn)病原體的陽(yáng)性?xún)r(jià)值       

2.11 污染與定植

3. mNGS技術(shù)展望

3.1 耐藥和突變的鑒定

3.2 mtNGS

3.3 檢驗設備標準缺失，多種因素對結果解讀的影響

3.4 mNGS時(shí)長(cháng)的優(yōu)化

3.5 臨床數據和微生物基線(xiàn)

3.6 mNGS病原體鑒定在臨床應用中存在的急需解決的問(wèn)題

3.6.1 產(chǎn)品本身的標準化和規范化

3.6.2 數據庫的完整性和準確性

3.6.3 算法的準確性和快速化

【二】宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應用的專(zhuān)家共識

--2019年2月中華急診醫學(xué)雜志發(fā)布

1. mNGS分析和診斷技術(shù)是急危重癥感染快速、精準診療的發(fā)展方向

2. mNGS在急危重癥感染患者應用的適應證

3. mNGS檢測的基本流程和質(zhì)量控制

3.1 實(shí)驗流程

3.2 生物信息分析

3.3 檢測報告內容

3.4 mNGS檢測報告和臨床解讀常用的概念

4. 臨床應用和結果解讀原則

5. mNGS在急危重癥感染性疾病應用中尚存在的問(wèn)題

【三】?jì)和粑栏腥疚⑸餀z驗標本采集轉運與檢測建議（細菌篇）

7 其他檢測方法

7.4 高通量的宏基因組測序 全基因組測序是對感染性疾病病原體的大規模核酸分析，可提供極為豐富的信息，對于未知病原體的發(fā)現具有不可比擬的優(yōu)勢，是分子生物學(xué)診斷的研究熱點(diǎn)。

【四】?jì)和粑栏腥疚⑸餀z驗標本采集轉運與檢測建議（病毒篇）

3 實(shí)驗室檢測方法

3.1.3 核酸檢測

相對于常規核酸檢測，Sanger測序技術(shù)、焦磷酸測序技術(shù)和二代測序技術(shù)等可得到病原體的基因序列，最快可在 5～6 h 獲得病毒的整個(gè)基因組序列，從而為病毒感染的診斷提供更多的信息。二代測序技術(shù)不但在高通量方面表現出優(yōu)勢，而且在發(fā)現新病原方面也有突破性進(jìn)展，但目前二代測序的結果還需要驗證，不能直接用于臨床診斷，且費用較高，要廣泛應用尚待時(shí)日。

【五】終末期肝病合并感染診治專(zhuān)家共識

4 ESLD 合并感染的診斷

4.5病原微生物檢測、培養與鑒定

二代測序方法從組織、拭子、抽吸物中提取 DNA 進(jìn)行分析，可篩查鑒別多種細菌，快速獲取病原學(xué)診斷。

推薦意見(jiàn) 4: ( 1) ESLD 合并感染的診斷需綜合評估高危因素、癥狀和體征、實(shí)驗室檢查、影像學(xué)檢查以及病原學(xué)檢測做出診斷，及時(shí)送檢各種組織、體液、血液等標本是診斷的重點(diǎn)。

【六】中國成人醫院獲得性肺炎與呼吸機相關(guān)性肺炎診斷和治療指南 (2018年版)

（四）實(shí)驗室技術(shù)在診療中的應用價(jià)值

高通量測序等分子生物學(xué)技術(shù)：基于測序技術(shù)的臨床宏基因組學(xué)，通過(guò)分析臨床標本中微生物的DNA或RNA含量與豐度判斷致病菌，顯著(zhù)提高了病原檢測的敏感度，縮短了檢測時(shí)間，對罕見(jiàn)病原菌感染的診斷具有優(yōu)勢，可審慎地用于現有成熟檢測技術(shù)不能確定的病原體，或經(jīng)恰當與規范抗感染治療無(wú)效的患者，但檢測結果需結合流行病學(xué)和臨床特征綜合評估是否為致病菌。但該技術(shù)應用于臨床尚需解決許多問(wèn)題，包括標本中人類(lèi)基因組的干擾生物信息學(xué)分析、結果判斷和解釋等，特別是呼吸道本身為非無(wú)菌狀態(tài)，量定植菌核酸的存在給臨床結果的判讀帶來(lái)了挑戰。

病原體診斷新利器

病原微生物宏基因組檢測（mNGS）

是指基于宏基因組新一代測序技術(shù) (metagenomics nextgeneration sequencing, mNGS) 不依賴(lài)于傳統的微生物培養，直接對臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序，然后與數據庫進(jìn)行比對分析，根據比對到的序列信息來(lái)判斷樣本包含的病原微生物種類(lèi)，能夠快速、客觀(guān)地檢測臨床樣本中的較多病原微生物（包括病毒、細菌、真菌、支原體/衣原體、寄生蟲(chóng)），且無(wú)需特異性擴增 ，尤其適用于急危重癥和疑難感染的診斷。

自 2008 年成功應用于臨床診斷新發(fā)病原體感染以來(lái) ，目前 mNGS 技術(shù)已經(jīng)逐步用于臨床疑難感染診斷，如華山醫院張文宏團隊用 mNGS 協(xié)助確診豬皰疹病毒的跨物種傳播，并給予針對性治療使患者痊愈，深圳市第三人民醫院用 mNGS 確診了一例罕見(jiàn)阿米巴腦炎。

mNGS檢測流程

mNGS適應癥

根據目前的臨床經(jīng)驗、研究結果和mNGS 技術(shù)的優(yōu)勢，推薦 mNGS 在急危重癥感染患者中應用的主要適應證 ：

①病情危重需要盡快明確病原體 ；

②特殊病患者如免疫抑制宿主、合并基礎疾病、反復住院的重癥感染患者需要盡快明確病原體 ；

③傳統微生物檢測技術(shù)反復陰性且治療效果不佳 ；

④疑似新發(fā)病原體、臨床上提示可能有一定的傳染性 ；

⑤疑似特殊病原體感染 ；

⑥長(cháng)期發(fā)熱和（/ 或）伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染。

符合以上適應證的患者，應盡快送標本進(jìn)行檢測。

展望：

mNGS 作為一種全面的直接檢測方法，對感染樣本直接進(jìn)行高通量測序，通過(guò)病原微生物專(zhuān)用數據庫比對和智能化分析，獲得疑似感染病原微生物的信息，并提供全面深入的報告，可以為急危重癥感染患者提供快速精準的診斷依據，從而精準地抗感染治療。

雖然目前的經(jīng)濟成本使 mNGS 不太可能在短期內成為臨床一線(xiàn)檢測手段，但在疑難雜癥、危重癥、免疫缺陷等特殊人群中仍具有成為病原體診斷準一線(xiàn)檢測手段的潛力，是一種非常有效的廣譜病原體篩查方法。此外，mNGS 與傳統的分子、血清學(xué)檢測等方法在感染診斷的檢 測中聯(lián)合使用可發(fā)揮關(guān)鍵作用。